Pressiteated

Eesti Maaülikooli teadlased järjendasid säga genoomi

Eesti Maaülikooli teadlaste juhtimisel järjendati uue põlvkonna sekveneerimisstrateegiat kasutades esmakordselt Euroopa säga (Silurus glanis) genoom. Säga võib teadaolevalt kasvada kuni 5 meetri pikkuseks ja kaaluda kuni 300 kilogrammi, olles üks suurimaid mageveekalu kogu maailmas. Vuntsidega hiiglase geneetilist koodi lahti muukides loodavad teadlased paremini mõista säga ülikiire kasvu, hea isu ja pikaealisuse saladusi.

Säga elab Euroopa suurtes jõgedes, järvedes, valides elupaigaks jõe või järve sügavamad paigad, kus ta sageli puurontide vahel saaki varitseb. Saaki püüab säga peamiselt öösel ning menüü suhtes pole ta pirtsakas: söögiks sobivad nii selgrootud, kalad, konnad, närilised kui ka veelinnud. On olnud isegi juhuseid, kus säga tohutute lõugade vahele on sattunud vees ujuv koer või laps. Kui vesi on piisavalt soe ning toitu jagub, kasvab säga väga kiiresti – Lõuna-Euroopa veehoidlates võivad kümne aasta vanused sägad olla ligikaudu poolteist meetrit pikad. Arvestades, et säga võib elada kuni 80 aasta vanuseks, pole ime, et selline hiigelkala on õigustatult saanud nii kalameeste ihaldusobjektiks ning paljude pärimuste ja legendide peategelaseks.

Kiire kasvu, õrna ja rasvase liha tõttu on sägast saanud ka üha populaarsem püügi ja kasvatuse objekt. Kõige enam püütakse harilikku säga Venemaa, Kazahstani ja Türgi sisevetest, kalakasvandused toodavad aastas ligikaudu 2000 tonni. Samas on just geneetilise info vähesus seni pidurdanud aretustööd sägaga.

"Järjestatud säga genoomi võimaldab teadlastel kiiremini üles leida just need geenivariandid, mis mõjutavad kala kasvukiirust, suguküpsuse saabumise aega, haigusresistentsust ja teisi vesiviljeluses olulisi tunnuseid ning rakendada moodsa genoomselektsiooni meetodeid nende tunnuste parandamiseks," selgitas uuringut juhtinud maaülikooli vesiviljeluse õppetooli juht, professor Riho Gross. Tema juhtimisel käivitati 2017. aastal maaülikooli vesiviljeluse õppetoolis Euroopa Merendus- ja Kalandusfondi rahastatud innovatsiooniprojekt, mille eesmärk on arendada Eestis välja ja optimeerida säga kunstliku paljundamise ja kasvatamise tehnoloogia ning selgitada välja parimate kalakasvatuslike omadustega ja geneetiliste näitajatega populatsioonid.   

Uuringus osalenud vesiviljeluse õppetooli vanemteaduri ja Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikooli professori Anti Vasemägi sõnul on säga genoomi suurus võrreldav teiste luukaladega (800 miljonit aluspaari) ning sisaldab natuke rohkem kui 21 tuhat geeni. Ta lisas, et järjestatud genoom on hüppelauaks edasistele uuringutele, mille eesmärk on juba otseselt lahendada säga vesiviljelusega seotud kitsaskohti.

Muudest käegakatsutavatest kasudest tõi Vasemägi välja ka panuse looduskaitsesse. "Eesti asub säga levila põhjapiiril ja säga kuulub meil kaitstavate liikide teise kaitsekategooriasse. Viimaste aastate leiud piirduvad enamjaolt Emajõe ja Peipsi-Pihkva järvega. Samas, säga asurkondade geneetilise mitmekesisuse kaitsmiseks on väga oluline mõista nende geneetilist tausta. Järjestatud genoom võimaldabki saada usaldusväärse vastuse, mille poolest on Eesti säga eriline ning kas genoomis leidub molekulaarse kohastumise jälgi," selgitas Vasemägi.

Töö tulemusi kirjeldav teadusartikkel avaldati ajakirjas G3: Genes, Genomes, Genetics ning uuringuid toetas Eesti Teadusagentuur ja Euroopa Merendus- ja Kalandusfond.

Artikkel: Draft Genome Assembly of the Freshwater Apex Predator Wels Catfish (Silurus glanis) Using Linked-Read Sequencing. M.Yu. Ozerov, M. Flajšhans, K. Noreikiene, A. Vasemägi, R. Gross. G3: Genes, Genomes, Genetics. Early online September 11, 2020, https://doi.org/10.1534/g3.120.401711

Lisainfo: professor Riho Gross, +372 731 3489