Õppetöö praktiline osa toimub nii kaasaegsetes laborites kui ka instituudi katsekeskuse põldudel. Praktilisi kogemusi omandatakse ka külastades Eesti põllumajanduse tipptootjaid. Lektoritena on kaasatud põllumajandussisendeid müüvate ja põllumajandustooteid väärindavate ettevõtete juhid.
Katsepraktika käigus saavad üliõpilased uurida erinevate agrotehniliste võtete (mullaharimine, väetamine, taimekaitse jne) mõju saagi formeerumisele ning koostada majandusanalüüs ettevõttele. Magistrandid koostavad oma teadustöö praktikal saadud tulemuste põhjal magistritöö.