Ülikool tunnustab audoktoreid akadeemilisel aktusel.
2025. aasta audoktor on Kaunase Tehnikaülikooli toiduteaduse professor Petras Rimantas Venskutonis, kes on avaldanud üle 300 teadusartiklilink opens in new page ja kuulub maailma enim viidatud teadlaste hulka. Eesti Maaülikooliga seob teda tihe koostöö teadustöö ja õppe alal.
Eesti Maaülikool valis 2024. aasta audoktoriks Saksamaa Ulmi Ülikooli taime- ja märgalade ökoloogia professor Marian Kazda.
Professor Kazda peamised uurimisteemad on taimeökoloogia, muld-vesi-taim seosed, märgalade aineringed ning biogaasi tootmisprotsesside optimeerimine. Ta on olnud Ulmi botaanikaaia direktor.
Eesti Maaülikool on teinud professor Marian Kazdaga pikaajalist tulemuslikku koostööd peamiselt õppetöö rahvusvahelistumise suunal.
Väljapaistvate veterinaarmeditsiini alaste teadussaavutuste ning pikaajalise toetava ja tulemusliku koostöö eest Eesti Maaülikooli teadlastega nimetati 2023. aasta audoktoriks Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikooli sigimise professor Ulf Magnusson.
| Nimi | Amet/eriala | Audoktoriks nimetamise aeg |
| Fernando Valladares | Hispaania rahvusliku loodusmuuseumi biogeograafia ja globaalmuutuste osakonna professor | 26.05.2022 |
| Christopher Brian Joyce | Brightoni ülikooli professor | 27.05.2021 |
| Maarit Johanna Witzell | Rootsi põllumajandusteaduste ülikooli metsapatoloogia dotsent | 28.05.2020 |
| Alexander Jäger | Ülem-Austria rakendusülikooli professor | 30.05.2019 |
| Poul Hyttel | Kopenhaageni ülikooli tervise- ja meditsiiniteaduste teaduskonna veterinaaria- ja loomateaduste osakonna professor | 31.05.2018 |
| Erik Jeppesen | NERI madalate järvede ökoloogia ja Aarhusi ülikooli bioloogiainstituudi õppetooli ja Aarhusi ülikooli Arktika keskuse professor | 10.11.2017 |
| Josep Peñuelas | Globaalökoloogia uuringute keskuse juht Hispaania teadusuuringute nõukogu ja Barcelona autonoomse ülikooli ühisuurimiskeskuses, uurija-professor | 21.03.2016 |
| Mogens Lund | Norra bioökonoomika uurimisinstituut | 28.05.2015 |
| Guy Smagghe | Ghenti ülikool | 29.05.2014 |
| Jari Hynynen | Soome metsainstituut | 29.05.2014 |
| Marja-Liisa Hänninen | Helsingi ülikool | 30.05.2013 |
| Urs Niggli | Šveitsi mahepõllumajanduse instituut | 31.05.2012 |
| John A. Stanturf | Ameerika Ühendriikide metsateenistus, Mississippi State University, Auburn University | 24.03.2011 |
| Jukka Ahokas | Helsingi ülikool | 27.05.2010 |
| Pertti Hari | Helsingi ülikool | 28.05.2009 |
| Lech Szajdak | Poola Teaduste Akadeemia põllumajandus- ja metsakeskkonna Instituut | 28.05.2009 |
| Viacheslav Maksarov | Loode-Venemaa riikliku tehnikaülikooli masinaehitustehnoloogia professor | 29.05.2008 |
Hannu Sakari Saloniemi († 25.09.2022) | Helsingi ülikooli professor | 28.06.2007 |
Eero Matti Olavi Ylätalo († 02.09.2025) | Helsingi ülikooli professor | 25.05.2006 |
| Jaan Timusk | Toronto ülikooli emeriitprofessor | 25.05.2006 |
| Esko Kalevi Poutiainen | Helsingi ülikooli emeriitprofessor, kauaaegne Soome põllumajandusliku teaduskeskuse direktor | 26.05.2005 |
Henri-Charles Dubourguier († 11.03.2010) | Prantsuse riikliku agronoomia uurimisinstituudi teadusdirektor ning Lille'i kõrgema põllumajandusinstituudi keskkonnateaduste professor | 27.05.2004 |
| Stig Gösta Einarsson | Rootsi põllumajandusteaduste ülikooli loomaarstiteaduskonna sünnitusabi ja günekoloogia professor | 04.05.2004 |
| Rihko Haarlaa | Helsingi ülikool | 24.04.2003 |
| Pekka Huhtanen | Soome põllumajanduse uurimiskeskus | 24.04.2003 |
| Morten Carlsson | NOVA rektor | 29.03.2001 |
| Hans Mattsson | Stockholmi kuningliku tehnoloogia instituudi professor | 28.02.2001 |
Ivan Katić († 31.08.2018) | Taani kuninglik veterinaaria ja põllumajanduse ülikool | 20.04.2000 |
| Klaus von Gadow | Göttingeni ülikooli professor | 02.03.2000 |
| Richard Guy Compton | Oxfordi ülikooli professor | 21.05.1998 |
| Ingvar Ekesbo | Rootsi põllumajandusülikooli veterinaariateaduskonna emeriitprofessor | 21.05.1998 |
| Olav R. Skage | Rootsi põllumajandusülikooli professor | 12.06.1997 |
| Lauri Kettunen | Soome põllumajandusökonoomika instituudi turumajanduse osakonna juhataja | 12.06.1997 |
| Esko Viljo Nurmi | Soome veterinaaria ja loomakasvatuse instituudi direktor, doktor (vet) | 23.05.1996 |
Henn Tuherm († 12.05.2016) | Läti põllumajandusülikooli õppeprorektor, doktor | 23.05.1996 |
| Ernst Kalm | Kieli Christian-Albrechti ülikooli loomakasvatuse ja loomapidamise instituudi direktor, doktor (agr) | 23.05.1996 |
| Vytautas Sirvidis | Vilniuse pedagoogikaülikooli agrobioloogia kateedri juhataja, professor, doktor (pm) | 11.05.1995 |
Peter Magnus Tigerstedt († 10.10.2022) | Helsinki ülikooli professor, PhD (geneetika) | 11.05.1995 |
| Ilkka Viljo Alitalo | Helsinki loomaarstiteaduse ülikooli rektor, doktor (vet) | 01.06.1994 |
| Hans Wiktorson | Rootsi põllumajandusteaduste ülikooli professor, doktor (pm) | 01.06.1994 |
Elmar Järvesoo († 19.12.1994) | Tororntos asuva Tartu instituudi direktor, professor, doktor (agr) | 31.08.1993 |
Hans-Jürgen von Maydell († 11.07.2010) | Hamburgi maailma metsanduse instituudi professor, doktor (mets) | 31.08.1993 |
| Peter Nansen | Taani kuningliku veterinaaria ja põllumajanduse ülikooli professor, doktor (vet) | 08.05.1993 |
Paul Limberg († 07.10.1997) | Berliini tehnikaülikooli taimekasvatusinstituudi professor, doktor (agr) | 14.06.1991 |
Arnold Rüütel († 31.12.2024) | ENSV ülemnõukogu esimees, doktor (pm) | 14.06.1991 |
Voldemar Tilga († 20.08.1991) | ELVI mikrobioloogia labori juhataja, professor, doktor (vet) | 14.06.1991 |
Ilmar Müürsepp († 19.10.2025) | ELVI sigimisbioloogia osakonna juhataja, doktor (vet) | 20.10.1989 |
| Erkki Kivi | Helsingi ülikooli professor, doktor (pm) | 20.10.1989 |